A comissão pedagógica é o órgão científico-pedagógico de direção estratégica, coordenação, supervisão e acompanhamento do plano de formação e do plano de atividade do CFFH, sendo constituída pelos seguintes elementos:

• Diretor do CFFH;
• Conselho de diretores, constituído pelos diretores das escolas associadas e pelo diretor;
• Secção de formação e monitorização (SFM), constituida pelos responsáveis dos planos de formação das escolas associadas e pelo diretor do CFFH

Escolas Associadas:

• AE Francisco de Holanda
• ES de Caldas das Taipas
• AE das Taipas
• AE de Fafe
• AE Arq. Mário Cardoso
• AE de Briteiros
• AE D. Afonso Henriques
• AE Santos Simões
• AE Fernando Távora
• AE de Montelongo
• AE de Pevidém
• AE Prof. Abel Salazar
• AE Prof. Carlos Teixeira